Mary Smith è una bambina di dieci anni che trascorre le sue giornate nella casa di campagna di una vecchia zia sorda. La sua vacanza è molto noiosa ma la comparsa di un gattino nero e la scoperta di uno strano fiore rosso cambieranno la sua esistenza. Incursioni notturne di strani animali e lezioni di stregoneria la porteranno a vivere un momento straordinario della sua giovane età.

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.

Un enorme torre bianca si staglia lontana oltre le nuvole, è la fonte di mille dibattiti e l’ispirazione per innumerevoli fantasie. Ha segnato un punto di svolta nel paese e ne simboleggia la divisione dopo la guerra: il nord è occupato dall’Unione mentre il Sud è in mano agli Stati Uniti. Due amici, Hiroki e Takuya, lavorano da tempo a un aereo; il loro sogno è quello di avvicinarsi alla Torre per vedere finalmente cosa c’è oltre. A poco a poco, una misteriosa ragazza di nome Sayuri si unisce a loro e insieme diventano un trio inseparabile. I due adolescenti promettono di portare la ragazza con loro per scoprire cosa ci sia oltre la Torre.

Roma Kamogawa e Hokuto Mitarai, soprannominato Toto, sono amici di lunga data che non si sono mai trovati a loro agio con i compagni di scuola e hanno fondato un piccolo club chiamato “DonGlees”. Nell’estate del loro primo anno di scuola superiore si unisce ai DonGlees Shizuku Sakuma, soprannominato Drop, e per un incidente avvenuto durante la notte di un festival di fuochi d’artificio i tre vengono ingiustamente ritenuti responsabili. Roma, Toto e Drop si mettono alla ricerca nella foresta del loro drone disperso, con cui potranno dimostrare la loro innocenza. Tale viaggio rafforza la loro amicizia in quella che sarà, a loro insaputa, l’ultima avventura adolescenziale di Drop.

Anna è una dodicenne che vive in città. “In questo mondo esiste un invisibile cerchio magico. C’è chi sta dentro e chi fuori, e io ne sono fuori. Ma comunque non mi importa. Odio me stessa”. Avendo perso i genitori da piccola, vive con i suoi genitori adottivi, sola e chiusa in se stessa dopo aver subito un particolare incidente. Quando la sua asma peggiora, viene mandata a stare dai parenti della madre adottiva Yoriko, gli Oiwa, in un villaggio vicino al mare. Inizia così un’estate di avventure per Anna, che incontra una ragazzina misteriosa, Marnie…

Gli alieni dal pianeta Baam sono arrivati pacificamente sulla terra speranzosi di condurre una pacifica coesistenza fra le due razze. Il Generalissimo Lion, re del popolo Baam e il delegato terrestre, il professor Ryuzaki, capo dell’avamposto lunare si incontrano per discutere un trattato di pace. Alla negoziazione prende parte anche la famiglia reale, e a causa di un sabotaggio il Re muore. Dopo questa tragedia comincia la guerra fra i Baam e la Terra. Gli alieni cominciano l’attacco alla Terra e conquistano le principali città terrestri: New York, Parigi, Londra e Roma e si dirigono verso la costa orientale del Giappone. Da qui iniziano i combattimenti e una fitta trama di eventi che porteranno alla luce macchinazioni, scopi e relazioni tra i personaggi di ambo le parti.