Negli ultimi giorni della Seconda guerra mondiale, un bombardamento americano uccide la madre di Seita, 14 anni, e della sua sorellina Setsuko, di 4. Rimasti soli e senza più un posto dove andare, i due cercano di sopravvivere nella campagna giapponese. Dopo aver litigato con l’unico parente rimasto, Seita cerca di badare a sé stesso e a Setsuko, trovando riparo in un rifugio abbandonato e rubando cibo. Ma con le risorse sempre più scarse, ai due fratelli non resta che aggrapparsi a brevi momenti di felicità in un mondo ormai in frantumi.

Aoyama è un bambino di 10 anni. È uno studente serio, ed ha un modo tutto suo di vedere e conoscere il mondo: tiene dei quaderni su cui annota quotidianamente le sue osservazioni, i suoi esperimenti e le sue esplorazioni. Un giorno alcuni pinguini compaiono improvvisamente nella città in cui vive. Ma, così come sono apparsi, misteriosamente spariscono. Aoyama parla di questa strana apparizione con una giovane donna, l’igienista dentale della clinica che frequenta, di cui è segretamente innamorato. Quando la sua “sorellona” lancia una lattina e questa si trasforma in un pinguino, Aoyama decide di investigare e di scoprire le cause di questa apparizione.

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.

È ormai passato un mese da quando sopra il Giappone è passata una cometa attesa da oltre mille anni. Mitsuha è una studentessa che vive in una piccola città rurale, il suo sogno però è quello di trasferirsi a Tokyo. Taki è uno studente di liceo che vive proprio a Tokyo, ha un lavoro part-time in un ristorante italiano ma il suo sogno è quello di lavorare nel campo dell’arte o dell’architettura. Una notte, Mitsuha sogna di essere un giovane uomo, ha nuovi amici e lo skyline di Tokyo si apre dinnanzi al suo sguardo. Nello stesso momento Taki, dal canto suo, sogna di essere una ragazzina che vive in una piccola città di montagna che non ha mai visitato! Qual è il segreto che si cela dietro questi strani sogni?

Gli alieni dal pianeta Baam sono arrivati pacificamente sulla terra speranzosi di condurre una pacifica coesistenza fra le due razze. Il Generalissimo Lion, re del popolo Baam e il delegato terrestre, il professor Ryuzaki, capo dell’avamposto lunare si incontrano per discutere un trattato di pace. Alla negoziazione prende parte anche la famiglia reale, e a causa di un sabotaggio il Re muore. Dopo questa tragedia comincia la guerra fra i Baam e la Terra. Gli alieni cominciano l’attacco alla Terra e conquistano le principali città terrestri: New York, Parigi, Londra e Roma e si dirigono verso la costa orientale del Giappone. Da qui iniziano i combattimenti e una fitta trama di eventi che porteranno alla luce macchinazioni, scopi e relazioni tra i personaggi di ambo le parti.

Una ragazza senza nome vive sola in una buia e desolata città fantasma, prendendosi cura di un uovo che conserva gelosamente in grembo. Mentre vaga nel paesaggio urbano alla ricerca di cibo incontra un guerriero armato di un fucile cruciforme. Inizialmente spaventata, la ragazza scappa in un vicolo e sconsideratamente abbandona l’uovo che finisce nelle mani dell’uomo. Quando questi le si avvicina restituendole l’uovo, egli la esorta a “conservare le cose preziose” e le chiede che cosa ci sia dentro l’uovo. La ragazza allora afferma che non glielo può dire e ha inizio un lungo inseguimento durante il quale l’uomo si persuade che in realtà nell’uovo si nasconda la chiave per svelare i misteri del mondo ed il senso della propria esistenza.