Aoyama è un bambino di 10 anni. È uno studente serio, ed ha un modo tutto suo di vedere e conoscere il mondo: tiene dei quaderni su cui annota quotidianamente le sue osservazioni, i suoi esperimenti e le sue esplorazioni. Un giorno alcuni pinguini compaiono improvvisamente nella città in cui vive. Ma, così come sono apparsi, misteriosamente spariscono. Aoyama parla di questa strana apparizione con una giovane donna, l’igienista dentale della clinica che frequenta, di cui è segretamente innamorato. Quando la sua “sorellona” lancia una lattina e questa si trasforma in un pinguino, Aoyama decide di investigare e di scoprire le cause di questa apparizione.

È ormai passato un mese da quando sopra il Giappone è passata una cometa attesa da oltre mille anni. Mitsuha è una studentessa che vive in una piccola città rurale, il suo sogno però è quello di trasferirsi a Tokyo. Taki è uno studente di liceo che vive proprio a Tokyo, ha un lavoro part-time in un ristorante italiano ma il suo sogno è quello di lavorare nel campo dell’arte o dell’architettura. Una notte, Mitsuha sogna di essere un giovane uomo, ha nuovi amici e lo skyline di Tokyo si apre dinnanzi al suo sguardo. Nello stesso momento Taki, dal canto suo, sogna di essere una ragazzina che vive in una piccola città di montagna che non ha mai visitato! Qual è il segreto che si cela dietro questi strani sogni?

Essi sono i messaggeri del Creatore, coloro che annunciano il giorno del Giudizio Universale.Non sono ne’ dei ne’ uomini. Il loro nome e’… Angeli. Setsuna Mudo ha sempre vissuto come un normale studente delle superiori, finche’ due demoni, Cry e Arakune, non si intromettono nella sua vita rivelandogli che egli e’ la reincarnazione di un angelo chiamato Alexiel. Per quanto propenso a non credere alla sconcertante notizia, Setsuna si vede costretto ad accettare la realta’ nel momento in cui Rosiel, il fratello gemello di Alexiel, tenta con ogni mezzo di risvegliare in lui la coscienza della sua vita passata. Stanco di essere attorniato da persone che in lui vedono soltanto Alexiel, Setsuna decide di scappare con sua sorella Sara, di cui e’ innamorato da sempre, per cominciare una nuova vita, ma l’angelo Rosiel non ha intenzione di rinunciare ai suoi propositi.

In un tranquillo quartiere di Tokyo, sette studenti saltano la scuola nascondendosi al buio nelle loro camerette, incapaci di affrontare le loro famiglie e i loro amici, finché non scoprono che gli specchi delle loro camere da letto brillano. Con un solo tocco, vengono trascinati in un castello che sembra uscito da una fiaba dei fratelli Grimm. Questo luogo stravagante, stranamente privo di cibo e acqua corrente ma pieno di prese elettriche, ospita una ragazza petulante in maschera di nome Wolf Queen e diventa il parco giochi dei sette ragazzi e il loro rifugio durante l’orario scolastico. Vengono a sapere che, nascosta fra le mura, c’è una chiave che esaudirà un desiderio. Ma c’è un problema: la chiave deve essere trovata entro la fine dell’anno scolastico e i ragazzi devono lasciare il castello entro le cinque di ogni pomeriggio, pena la morte.

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.