Chihiro è una ragazzina di dieci anni, capricciosa e testarda, che sta traslocando con i suoi genitori dalla loro vecchia casa. Arrivati in fondo a una misteriosa strada senza uscita, la famiglia si trova davanti a una galleria che li conduce a una città fantasma. I genitori si gettano famelici sul cibo e vengono trasformati in maiali sotto gli occhi della figlia. Chihiro dovrà affrontare un mondo nuovo e misterioso abitato da antiche divinità ed esseri straordinari che dovrà imparare a conoscere per potersi salvare. E così la ragazzina rinuncerà alla sua pigrizia, alla sua umanità, alla sua ragione, ai suoi ricordi e perfino al suo nome…

Aoyama è un bambino di 10 anni. È uno studente serio, ed ha un modo tutto suo di vedere e conoscere il mondo: tiene dei quaderni su cui annota quotidianamente le sue osservazioni, i suoi esperimenti e le sue esplorazioni. Un giorno alcuni pinguini compaiono improvvisamente nella città in cui vive. Ma, così come sono apparsi, misteriosamente spariscono. Aoyama parla di questa strana apparizione con una giovane donna, l’igienista dentale della clinica che frequenta, di cui è segretamente innamorato. Quando la sua “sorellona” lancia una lattina e questa si trasforma in un pinguino, Aoyama decide di investigare e di scoprire le cause di questa apparizione.

La storia è ambientata nell’Europa del XIX secolo: in questo mondo alternativo sono stati creati dei “Frankestein”, cadaveri viventi a cui è stata innestata un’anima artificiale, da usare come lavoratori nell’industria pesante. John Watson, studente di medicina dell’Università di Londra, viene scelto dal governo per diventare un agente segreto: nel suo lavoro scopre che in Afghanistan vengono impiegati una grande quantità di Frankestein tra cui l’Uno, l’originale creatura creata circa un secolo prima dal barone Frankenstein, che trama un complotto contro il mondo.

Nella Kyoto del 2027 Naomi Katagaki, studente con la passione per la lettura, entra misteriosamente in contatto con un uomo apparso dal nulla; quest’ultimo gli rivela di essere il “sé stesso” del futuro dal 2037 e di essere tornato nel passato per salvare la compagna di classe e futura fidanzata Ruri Ichigyō, che altrimenti sarebbe finita in coma in seguito alla caduta di un albero colpito da un fulmine.

Hodaka, durante l’estate del suo primo anno di liceo, fugge dalla sua remota isola natale per rifugiarsi a Tokyo. Qui si ritroverà ben presto ad affrontare i propri limiti sia finanziari che personali. L’incontro con Hina, una ragazza brillante e volitiva, cambierà però il corso degli eventi perché la giovane possiede un’abilità strana e meravigliosa: il potere di fermare la pioggia e far risplendere il sole…