La storia è incentrata su una casa tradizionale giapponese chiamata “Mayoiga” (dal nome del concetto folcloristico giapponese di una casa abbandonata ma ben tenuta) da dove si può vedere il mare e sentire il tocco di calore e nostalgia. Qui, una ragazza di 17 anni che sta cercando di trovare il suo posto nel mondo inizia una nuova vita con persone completamente estranee a lei.

Anna è una dodicenne che vive in città. “In questo mondo esiste un invisibile cerchio magico. C’è chi sta dentro e chi fuori, e io ne sono fuori. Ma comunque non mi importa. Odio me stessa”. Avendo perso i genitori da piccola, vive con i suoi genitori adottivi, sola e chiusa in se stessa dopo aver subito un particolare incidente. Quando la sua asma peggiora, viene mandata a stare dai parenti della madre adottiva Yoriko, gli Oiwa, in un villaggio vicino al mare. Inizia così un’estate di avventure per Anna, che incontra una ragazzina misteriosa, Marnie…

La storia è ambientata nell’Europa del XIX secolo: in questo mondo alternativo sono stati creati dei “Frankestein”, cadaveri viventi a cui è stata innestata un’anima artificiale, da usare come lavoratori nell’industria pesante. John Watson, studente di medicina dell’Università di Londra, viene scelto dal governo per diventare un agente segreto: nel suo lavoro scopre che in Afghanistan vengono impiegati una grande quantità di Frankestein tra cui l’Uno, l’originale creatura creata circa un secolo prima dal barone Frankenstein, che trama un complotto contro il mondo.

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.

Una torrida giornata d’estate… all’improvviso un’intera classe di una scuola media scompare nel nulla. In principio si pensa ad un rapimento di massa, ma tra rapimenti veri e propri, isteria collettiva dei genitori e di un sindaco corrotto, si scoprirà che i ragazzi si sono barricati in una fabbrica abbandonata in segno di ribellione contro gli adulti!

Josée vive nel suo mondo immersa nei propri passatempi: i disegni, i libri e l’immaginazione. Fin dall’infanzia è su una sedia a rotelle, e un giorno viene aiutata da Tsuneo, uno studente universitario, proprio mentre sembra sul punto di ruzzolare per una strada di collina. Tsuneo, che segue un corso di biologia marina, è uno studente lavoratore che svolge piccoli impieghi da mattina a sera mentre insegue il sogno di vedere un giorno coi suoi occhi un branco di fantomatici pesci che vivono unicamente in Messico. Chizu, la nonna di Josée con la quale vive da sola, propone al suddetto Tsuneo un certo lavoretto. Si tratta di dare ascolto alle richieste di Josée e di occuparsi di lei. Però la scorbutica e sprezzante Josée tratta Tsuneo in modo aspro, e anche Tsuneo si scontra direttamente con Josée senza pazientare. In tutto questo, ciò che si trova dentro i rispettivi animi inizia a scorgersi e la distanza tra gli animi dei due si accorcia. Con questa sintonia, Josée si convince e decide di saltare assieme a Tsuneo nel mondo esterno che sognava, ma…

Lo struggente film d’animazione realizzato da Studio Bones (My Hero Academia, Fullmetal Alchemist), diretto da Kotaro Tamura (Noragami, Wolf Children) e impreziosito dalle musiche di Evan Call (Violet Evergarden) arriva in edizione DVD dopo il successo riscosso al cinema.