Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.

Esiste una leggenda metropolitana sul Tunnel di Urashima: nessuna sa dove sia, ma se qualcuno lo trova può chiedergli qualsiasi cosa. Tuttavia, il tempo trascorre in modo diverso all’interno del tunnel e, una volta usciti, si scopre di essere invecchiati. Kaoru è un adolescente dalla vita difficile; le sue giornate sono scandite dal tempo trascorso insieme al suo unico amico e dalle commissioni che svolge per l'”ape regina” della sua classe. Egli vive insieme al padre, che si è dato all’alcol in seguito alla morte della figlia minore, mentre la madre li ha abbandonati poco dopo quel tragico incidente. Ma Kaoru non si lamenta della sua vita né è arrabbiato, e quando si imbatte nel Tunnel di Urashima sa esattamente quale desiderio chiedere: che sua sorella torni in vita.

La storia è incentrata su una casa tradizionale giapponese chiamata “Mayoiga” (dal nome del concetto folcloristico giapponese di una casa abbandonata ma ben tenuta) da dove si può vedere il mare e sentire il tocco di calore e nostalgia. Qui, una ragazza di 17 anni che sta cercando di trovare il suo posto nel mondo inizia una nuova vita con persone completamente estranee a lei.

L’iperattiva e vivace Pompo, nipote del produttore in pensione J.D. Peterzen, è una magnate dei B-movie. Gene invece è un assistente di produzione che non vorrebbe mai diventare un regista: la sola idea lo terrorizza. Tuttavia, Pompo ha altri piani per lui, progetti che cambieranno la sua vita e lo avvicineranno sempre di più al segreto del successo cinematografico.

Hodaka, durante l’estate del suo primo anno di liceo, fugge dalla sua remota isola natale per rifugiarsi a Tokyo. Qui si ritroverà ben presto ad affrontare i propri limiti sia finanziari che personali. L’incontro con Hina, una ragazza brillante e volitiva, cambierà però il corso degli eventi perché la giovane possiede un’abilità strana e meravigliosa: il potere di fermare la pioggia e far risplendere il sole…

Il giorno prima del suo compleanno, Akane viene mandata dalla madre al negozio di Chii, un’amica di famiglia, grande viaggiatrice. Durante la visita, l’arrivo di un misterioso alchimista in completo elegante le catapulta in un viaggio incredibile in un misterioso mondo parallelo. Akane viene scambiata per la “dea del vento verde”, personaggio leggendario che dovrà salvare il principe e permettere la riuscita della cerimonia del taglio della goccia, in grado di far tornare l’acqua a scorrere nel mondo. Nel mentre saranno ostacolati dal malvagio Zan Gu, un uomo di metallo apparentemente deciso a ostacolare la cerimonia a tutti i costi.

La storia è ambientata nell’Europa del XIX secolo: in questo mondo alternativo sono stati creati dei “Frankestein”, cadaveri viventi a cui è stata innestata un’anima artificiale, da usare come lavoratori nell’industria pesante. John Watson, studente di medicina dell’Università di Londra, viene scelto dal governo per diventare un agente segreto: nel suo lavoro scopre che in Afghanistan vengono impiegati una grande quantità di Frankestein tra cui l’Uno, l’originale creatura creata circa un secolo prima dal barone Frankenstein, che trama un complotto contro il mondo.