Mary Smith è una bambina di dieci anni che trascorre le sue giornate nella casa di campagna di una vecchia zia sorda. La sua vacanza è molto noiosa ma la comparsa di un gattino nero e la scoperta di uno strano fiore rosso cambieranno la sua esistenza. Incursioni notturne di strani animali e lezioni di stregoneria la porteranno a vivere un momento straordinario della sua giovane età.

L’iperattiva e vivace Pompo, nipote del produttore in pensione J.D. Peterzen, è una magnate dei B-movie. Gene invece è un assistente di produzione che non vorrebbe mai diventare un regista: la sola idea lo terrorizza. Tuttavia, Pompo ha altri piani per lui, progetti che cambieranno la sua vita e lo avvicineranno sempre di più al segreto del successo cinematografico.

La storia è ambientata a Tokyo dopo un terremoto di magnitudo 8.0 sulla scala Richter, che distrugge molti degli edifici simbolo della città. È centrata su Mirai e Yuki che, all’inizio delle vacanze estive, si recano ad una mostra di robot ad Odaiba, un’isola artificiale nella Baia di Tokyo. I due andranno da soli, con grande disappunto di Mirai, perché i genitori sono impegnati a causa dei rispettivi lavori. Proprio alla fine della visita, mentre Yuki va alla toilette e Mirai lo sta aspettando fuori dall’edificio, si verifica un terremoto devastante che causa la distruzione di centinaia di edifici e ponti, compreso il Rainbow Bridge. Mirai, scioccata da quanto appena successo, entra comunque nell’edificio pericolante per cercare il fratellino e, grazie all’aiuto di Mari, una fattorina motociclista, i due si ricongiungeranno. A questo punto inizierà il viaggio dei tre: Mirai e Yuki devono tornare a casa dai genitori a Setagaya e Mari deve raggiungere la madre e la figlia di quattro anni a Sangenjaya.

Il popolo Iorph vive molto lontano dal mondo degli uomini, trascorrendo le giornate intrecciando Hibiol, un tessuto speciale che funge da cronaca scritta del passare del tempo. Invecchiano molto più lentamente degli umani e hanno la capacità di vivere per centinaia di anni. Sono leggendari per gli estranei, che li hanno soprannominati “il clan dei separati”.

Anno 2015. Un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili, le armate internazionali sono in ginocchio. L’ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell’Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da Combattimento Umanoide Multi-Funzione, l’arma definitiva, l’Evangelion. Shinji Ikari. Un ragazzino di quattordici anni mite e introverso, arrivato a Neo Tokyo-3 per ordine di suo padre, che non vedeva da ben tre anni. Travolto dagli eventi e sopraffatto dalla figura del genitore, comandante supremo della Nerv, Shinji si ritroverà ai comandi del primo esemplare funzionante di Evangelion, scaraventato nella furia della battaglia. è l’inizio della più shockante saga del terzo millennio, della serie che ha sconvolto il Giappone, della Nuova Genesi dell’animazione nipponica.