La storia è incentrata su una casa tradizionale giapponese chiamata “Mayoiga” (dal nome del concetto folcloristico giapponese di una casa abbandonata ma ben tenuta) da dove si può vedere il mare e sentire il tocco di calore e nostalgia. Qui, una ragazza di 17 anni che sta cercando di trovare il suo posto nel mondo inizia una nuova vita con persone completamente estranee a lei.

Chobin, il principe stellare racconta le vicende del principe delle stelle Chobin, arrivato sulla Terra a bordo di un’astronave. Chobin ha un aspetto buffo (assomiglia a una melanzana con il ciuffo), non cammina ma saltella, ed è arrivato sulla Terra per cercare di salvare la madre da un alieno malvagio Bruga, che si fa aiutare da un esercito di pipistrelli monocoli per sconfiggere Chobin.

Il principe però ha molti amici e sostenitori che lo aiuteranno nella sua battaglia: il giovane Rori e il nonno, molti animali della foresta tra cui l’orso Kumandon, la rana Accavè e la farfalla Kyrashon, che si innamora del piccolo e buffo alieno.

Anno 2015. Un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili, le armate internazionali sono in ginocchio. L’ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell’Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da Combattimento Umanoide Multi-Funzione, l’arma definitiva, l’Evangelion. Shinji Ikari. Un ragazzino di quattordici anni mite e introverso, arrivato a Neo Tokyo-3 per ordine di suo padre, che non vedeva da ben tre anni. Travolto dagli eventi e sopraffatto dalla figura del genitore, comandante supremo della Nerv, Shinji si ritroverà ai comandi del primo esemplare funzionante di Evangelion, scaraventato nella furia della battaglia. è l’inizio della più shockante saga del terzo millennio, della serie che ha sconvolto il Giappone, della Nuova Genesi dell’animazione nipponica.