La storia è ambientata nell’Europa del XIX secolo: in questo mondo alternativo sono stati creati dei “Frankestein”, cadaveri viventi a cui è stata innestata un’anima artificiale, da usare come lavoratori nell’industria pesante. John Watson, studente di medicina dell’Università di Londra, viene scelto dal governo per diventare un agente segreto: nel suo lavoro scopre che in Afghanistan vengono impiegati una grande quantità di Frankestein tra cui l’Uno, l’originale creatura creata circa un secolo prima dal barone Frankenstein, che trama un complotto contro il mondo.

In un tranquillo quartiere di Tokyo, sette studenti saltano la scuola nascondendosi al buio nelle loro camerette, incapaci di affrontare le loro famiglie e i loro amici, finché non scoprono che gli specchi delle loro camere da letto brillano. Con un solo tocco, vengono trascinati in un castello che sembra uscito da una fiaba dei fratelli Grimm. Questo luogo stravagante, stranamente privo di cibo e acqua corrente ma pieno di prese elettriche, ospita una ragazza petulante in maschera di nome Wolf Queen e diventa il parco giochi dei sette ragazzi e il loro rifugio durante l’orario scolastico. Vengono a sapere che, nascosta fra le mura, c’è una chiave che esaudirà un desiderio. Ma c’è un problema: la chiave deve essere trovata entro la fine dell’anno scolastico e i ragazzi devono lasciare il castello entro le cinque di ogni pomeriggio, pena la morte.

Esiste una leggenda metropolitana sul Tunnel di Urashima: nessuna sa dove sia, ma se qualcuno lo trova può chiedergli qualsiasi cosa. Tuttavia, il tempo trascorre in modo diverso all’interno del tunnel e, una volta usciti, si scopre di essere invecchiati. Kaoru è un adolescente dalla vita difficile; le sue giornate sono scandite dal tempo trascorso insieme al suo unico amico e dalle commissioni che svolge per l'”ape regina” della sua classe. Egli vive insieme al padre, che si è dato all’alcol in seguito alla morte della figlia minore, mentre la madre li ha abbandonati poco dopo quel tragico incidente. Ma Kaoru non si lamenta della sua vita né è arrabbiato, e quando si imbatte nel Tunnel di Urashima sa esattamente quale desiderio chiedere: che sua sorella torni in vita.

Il popolo Iorph vive molto lontano dal mondo degli uomini, trascorrendo le giornate intrecciando Hibiol, un tessuto speciale che funge da cronaca scritta del passare del tempo. Invecchiano molto più lentamente degli umani e hanno la capacità di vivere per centinaia di anni. Sono leggendari per gli estranei, che li hanno soprannominati “il clan dei separati”.

Nel mese di luglio dell’anno 2008, la razza umana sfiorò la completa estinzione. In pochi istanti, le armi elettromagnetiche cancellarono più di metà degli esseri viventi dalla faccia del pianeta. Il cataclisma causò uno spostamento traumatico dell’asse terrestre, e i continenti finirono quasi interamente sommersi dalle acque.