Nella Kyoto del 2027 Naomi Katagaki, studente con la passione per la lettura, entra misteriosamente in contatto con un uomo apparso dal nulla; quest’ultimo gli rivela di essere il “sé stesso” del futuro dal 2037 e di essere tornato nel passato per salvare la compagna di classe e futura fidanzata Ruri Ichigyō, che altrimenti sarebbe finita in coma in seguito alla caduta di un albero colpito da un fulmine.

La ciurma di cappello di paglia e altre bande di pirati, oltre a un numero impressionante di appassionati, si riunisce nei pressi dell’isola di Elegia per il concerto di Uta, una superstar che vuole rendere le persone felici con la propria musica. Sente infatti forte empatia con le vittime innocenti delle razzie dei pirati. Tanto che, sebbene sia un’amica di gioventù di Luffy, farà il possibile per fargli abbandonare il sogno di diventare re dei pirati. Uta, nel resistere a un tentativo di rapimento, dimostra di avere anche strabilianti poteri, che prendono però un tono sempre più sinistro e tragico…

Anna è una dodicenne che vive in città. “In questo mondo esiste un invisibile cerchio magico. C’è chi sta dentro e chi fuori, e io ne sono fuori. Ma comunque non mi importa. Odio me stessa”. Avendo perso i genitori da piccola, vive con i suoi genitori adottivi, sola e chiusa in se stessa dopo aver subito un particolare incidente. Quando la sua asma peggiora, viene mandata a stare dai parenti della madre adottiva Yoriko, gli Oiwa, in un villaggio vicino al mare. Inizia così un’estate di avventure per Anna, che incontra una ragazzina misteriosa, Marnie…

L’imbranato cagnolino amico di Aiko, si innamora a prima vista della cagnetta Anna. Sho Shimada, il padrone di Anna, si trasferisce nella classe di Aiko. Complici una serie di battibecchi e la malattia di Anna, i due si avvicinano l’un l’altra. Tuttavia, all’improvviso, Sho deve trasferirsi in America per studiare violino e si preoccupa perché non riesce a dirlo ad Aiko. La ragazza, che ha sentito parlare di questo fatto dalla madre di lui, vorrebbe costruire insieme a Sho dei bei ricordi nel tempo che resta loro da passare insieme prima della partenza…

Una ragazza senza nome vive sola in una buia e desolata città fantasma, prendendosi cura di un uovo che conserva gelosamente in grembo. Mentre vaga nel paesaggio urbano alla ricerca di cibo incontra un guerriero armato di un fucile cruciforme. Inizialmente spaventata, la ragazza scappa in un vicolo e sconsideratamente abbandona l’uovo che finisce nelle mani dell’uomo. Quando questi le si avvicina restituendole l’uovo, egli la esorta a “conservare le cose preziose” e le chiede che cosa ci sia dentro l’uovo. La ragazza allora afferma che non glielo può dire e ha inizio un lungo inseguimento durante il quale l’uomo si persuade che in realtà nell’uovo si nasconda la chiave per svelare i misteri del mondo ed il senso della propria esistenza.