Esiste una leggenda metropolitana sul Tunnel di Urashima: nessuna sa dove sia, ma se qualcuno lo trova può chiedergli qualsiasi cosa. Tuttavia, il tempo trascorre in modo diverso all’interno del tunnel e, una volta usciti, si scopre di essere invecchiati. Kaoru è un adolescente dalla vita difficile; le sue giornate sono scandite dal tempo trascorso insieme al suo unico amico e dalle commissioni che svolge per l'”ape regina” della sua classe. Egli vive insieme al padre, che si è dato all’alcol in seguito alla morte della figlia minore, mentre la madre li ha abbandonati poco dopo quel tragico incidente. Ma Kaoru non si lamenta della sua vita né è arrabbiato, e quando si imbatte nel Tunnel di Urashima sa esattamente quale desiderio chiedere: che sua sorella torni in vita.

La storia è ambientata a Tokyo dopo un terremoto di magnitudo 8.0 sulla scala Richter, che distrugge molti degli edifici simbolo della città. È centrata su Mirai e Yuki che, all’inizio delle vacanze estive, si recano ad una mostra di robot ad Odaiba, un’isola artificiale nella Baia di Tokyo. I due andranno da soli, con grande disappunto di Mirai, perché i genitori sono impegnati a causa dei rispettivi lavori. Proprio alla fine della visita, mentre Yuki va alla toilette e Mirai lo sta aspettando fuori dall’edificio, si verifica un terremoto devastante che causa la distruzione di centinaia di edifici e ponti, compreso il Rainbow Bridge. Mirai, scioccata da quanto appena successo, entra comunque nell’edificio pericolante per cercare il fratellino e, grazie all’aiuto di Mari, una fattorina motociclista, i due si ricongiungeranno. A questo punto inizierà il viaggio dei tre: Mirai e Yuki devono tornare a casa dai genitori a Setagaya e Mari deve raggiungere la madre e la figlia di quattro anni a Sangenjaya.

Una torrida giornata d’estate… all’improvviso un’intera classe di una scuola media scompare nel nulla. In principio si pensa ad un rapimento di massa, ma tra rapimenti veri e propri, isteria collettiva dei genitori e di un sindaco corrotto, si scoprirà che i ragazzi si sono barricati in una fabbrica abbandonata in segno di ribellione contro gli adulti!

Una tranquilla giornata in una tranquilla città negli anni ottanta del secolo scorso. Tutto è come deve essere, finché una telefonata ad un popolare programma televisivo parla di una strana, potentissima moto. Il programma si interrompe improvvisamente, e da allora in poi la verità inizierà a mostrarsi: tutto quello che abbiamo sempre creduto è una menzogna. Questa non è la nostra città, questa non è un`epoca di pace, questa non è la Terra.

Roma Kamogawa e Hokuto Mitarai, soprannominato Toto, sono amici di lunga data che non si sono mai trovati a loro agio con i compagni di scuola e hanno fondato un piccolo club chiamato “DonGlees”. Nell’estate del loro primo anno di scuola superiore si unisce ai DonGlees Shizuku Sakuma, soprannominato Drop, e per un incidente avvenuto durante la notte di un festival di fuochi d’artificio i tre vengono ingiustamente ritenuti responsabili. Roma, Toto e Drop si mettono alla ricerca nella foresta del loro drone disperso, con cui potranno dimostrare la loro innocenza. Tale viaggio rafforza la loro amicizia in quella che sarà, a loro insaputa, l’ultima avventura adolescenziale di Drop.