La storia è ambientata a Tokyo dopo un terremoto di magnitudo 8.0 sulla scala Richter, che distrugge molti degli edifici simbolo della città. È centrata su Mirai e Yuki che, all’inizio delle vacanze estive, si recano ad una mostra di robot ad Odaiba, un’isola artificiale nella Baia di Tokyo. I due andranno da soli, con grande disappunto di Mirai, perché i genitori sono impegnati a causa dei rispettivi lavori. Proprio alla fine della visita, mentre Yuki va alla toilette e Mirai lo sta aspettando fuori dall’edificio, si verifica un terremoto devastante che causa la distruzione di centinaia di edifici e ponti, compreso il Rainbow Bridge. Mirai, scioccata da quanto appena successo, entra comunque nell’edificio pericolante per cercare il fratellino e, grazie all’aiuto di Mari, una fattorina motociclista, i due si ricongiungeranno. A questo punto inizierà il viaggio dei tre: Mirai e Yuki devono tornare a casa dai genitori a Setagaya e Mari deve raggiungere la madre e la figlia di quattro anni a Sangenjaya.

Un contadino, mentre taglia del bambù, all’interno di uno dei fusti trova una piccola bambina, grande quanto un pollice. L’uomo, senza figli, la prende e la porta a casa da sua moglie, ed insieme decidono di allevarla come la propria figlia. Ma crescendo, la piccola Kaguya si troverà a scoprire la sua vera identità, quella di non essere una persona qualunque ma una principessa…

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.