Esiste una leggenda metropolitana sul Tunnel di Urashima: nessuna sa dove sia, ma se qualcuno lo trova può chiedergli qualsiasi cosa. Tuttavia, il tempo trascorre in modo diverso all’interno del tunnel e, una volta usciti, si scopre di essere invecchiati. Kaoru è un adolescente dalla vita difficile; le sue giornate sono scandite dal tempo trascorso insieme al suo unico amico e dalle commissioni che svolge per l'”ape regina” della sua classe. Egli vive insieme al padre, che si è dato all’alcol in seguito alla morte della figlia minore, mentre la madre li ha abbandonati poco dopo quel tragico incidente. Ma Kaoru non si lamenta della sua vita né è arrabbiato, e quando si imbatte nel Tunnel di Urashima sa esattamente quale desiderio chiedere: che sua sorella torni in vita.

Chihiro è una ragazzina di dieci anni, capricciosa e testarda, che sta traslocando con i suoi genitori dalla loro vecchia casa. Arrivati in fondo a una misteriosa strada senza uscita, la famiglia si trova davanti a una galleria che li conduce a una città fantasma. I genitori si gettano famelici sul cibo e vengono trasformati in maiali sotto gli occhi della figlia. Chihiro dovrà affrontare un mondo nuovo e misterioso abitato da antiche divinità ed esseri straordinari che dovrà imparare a conoscere per potersi salvare. E così la ragazzina rinuncerà alla sua pigrizia, alla sua umanità, alla sua ragione, ai suoi ricordi e perfino al suo nome…

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.

Gli alieni dal pianeta Baam sono arrivati pacificamente sulla terra speranzosi di condurre una pacifica coesistenza fra le due razze. Il Generalissimo Lion, re del popolo Baam e il delegato terrestre, il professor Ryuzaki, capo dell’avamposto lunare si incontrano per discutere un trattato di pace. Alla negoziazione prende parte anche la famiglia reale, e a causa di un sabotaggio il Re muore. Dopo questa tragedia comincia la guerra fra i Baam e la Terra. Gli alieni cominciano l’attacco alla Terra e conquistano le principali città terrestri: New York, Parigi, Londra e Roma e si dirigono verso la costa orientale del Giappone. Da qui iniziano i combattimenti e una fitta trama di eventi che porteranno alla luce macchinazioni, scopi e relazioni tra i personaggi di ambo le parti.

Sono trascorsi sei anni, e ora Kamui è tornato a Tokyo per affrontare il Destino dell’Ultimo Giorno. Di fronte a lui i Draghi del Cielo e i Draghi della Terra, e la scelta tra “preservare” o “cambiare” lo stato delle cose. Perchè Kamui è nato per poter diventare un salvatore o un distruttore. E può dimostrare che è l’individuo a scegliere il proprio destino. Ma solo lui sarà responsabile delle conseguenze della sua decisione. Anno 1999, il futuro è “X”.