Il pianeta Terra, ormai abbandonato da centinaia d’anni da una popolazione troppo numerosa per contenerlo, è diventato un luogo inviolabile e quasi sacro, mantenuto tale con pugno di ferro e fermezza militare dalla coalizione Gaia. Ad essa si contrappone Capitan Harlock e la sua ciurma a bordo dell’Arcadia, a cui si è appena aggiunto un nuovo elemento: Logan, fratello dell’ufficiale disabile Ezra e dunque infiltrato di Gaia dentro l’armata di Harlock con il compito di uccidere il capitano. Quando però Logan capirà qual è l’ideale che muove Harlock, che ha sempre percepito come un nemico, sarà pronto a schierarsi con lui contro il fratello, il quale lo accusa di aver causato la sua disabilità.

Anno 2015. Un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili, le armate internazionali sono in ginocchio. L’ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell’Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da Combattimento Umanoide Multi-Funzione, l’arma definitiva, l’Evangelion. Shinji Ikari. Un ragazzino di quattordici anni mite e introverso, arrivato a Neo Tokyo-3 per ordine di suo padre, che non vedeva da ben tre anni. Travolto dagli eventi e sopraffatto dalla figura del genitore, comandante supremo della Nerv, Shinji si ritroverà ai comandi del primo esemplare funzionante di Evangelion, scaraventato nella furia della battaglia. è l’inizio della più shockante saga del terzo millennio, della serie che ha sconvolto il Giappone, della Nuova Genesi dell’animazione nipponica.

Hodaka, durante l’estate del suo primo anno di liceo, fugge dalla sua remota isola natale per rifugiarsi a Tokyo. Qui si ritroverà ben presto ad affrontare i propri limiti sia finanziari che personali. L’incontro con Hina, una ragazza brillante e volitiva, cambierà però il corso degli eventi perché la giovane possiede un’abilità strana e meravigliosa: il potere di fermare la pioggia e far risplendere il sole…

Gli alieni dal pianeta Baam sono arrivati pacificamente sulla terra speranzosi di condurre una pacifica coesistenza fra le due razze. Il Generalissimo Lion, re del popolo Baam e il delegato terrestre, il professor Ryuzaki, capo dell’avamposto lunare si incontrano per discutere un trattato di pace. Alla negoziazione prende parte anche la famiglia reale, e a causa di un sabotaggio il Re muore. Dopo questa tragedia comincia la guerra fra i Baam e la Terra. Gli alieni cominciano l’attacco alla Terra e conquistano le principali città terrestri: New York, Parigi, Londra e Roma e si dirigono verso la costa orientale del Giappone. Da qui iniziano i combattimenti e una fitta trama di eventi che porteranno alla luce macchinazioni, scopi e relazioni tra i personaggi di ambo le parti.