Una torrida giornata d’estate… all’improvviso un’intera classe di una scuola media scompare nel nulla. In principio si pensa ad un rapimento di massa, ma tra rapimenti veri e propri, isteria collettiva dei genitori e di un sindaco corrotto, si scoprirà che i ragazzi si sono barricati in una fabbrica abbandonata in segno di ribellione contro gli adulti!

Il film racconta cosa accade dopo la conquista del regno di Aquafa da parte dell’Impero di Zol, a seguito di una sanguinosa guerra. Il grande impero ha incorporato gran parte dei territori, eccezion fatta per Fire Horse Territory, dove vivono dei cani selvatici che un tempo trasmettevano la mortale Febbre del Lupo Nero. I soldati che hanno combattuto per Aquafa attendono la loro morte per mano di Zol. Van, uno di loro, invece di essere ucciso viene fatto schiavo e lasciato in una miniera di sale controllata dall’impero, dove conosce una giovane di nome Yuna. Una notte un branco di cani del Fire Horse Territory attraversa la miniera e Van e la sua nuova amica vengono attaccati e morsi, sopravvivendo comunque all’attacco. Mentre la Febbre del Lupo Nero dilaga, i due approfittano della nuova libertà per rifarsi una vita serena in campagna, ma una nuova battaglia è pronta per essere combattuta…

Anna è una dodicenne che vive in città. “In questo mondo esiste un invisibile cerchio magico. C’è chi sta dentro e chi fuori, e io ne sono fuori. Ma comunque non mi importa. Odio me stessa”. Avendo perso i genitori da piccola, vive con i suoi genitori adottivi, sola e chiusa in se stessa dopo aver subito un particolare incidente. Quando la sua asma peggiora, viene mandata a stare dai parenti della madre adottiva Yoriko, gli Oiwa, in un villaggio vicino al mare. Inizia così un’estate di avventure per Anna, che incontra una ragazzina misteriosa, Marnie…

Un enorme torre bianca si staglia lontana oltre le nuvole, è la fonte di mille dibattiti e l’ispirazione per innumerevoli fantasie. Ha segnato un punto di svolta nel paese e ne simboleggia la divisione dopo la guerra: il nord è occupato dall’Unione mentre il Sud è in mano agli Stati Uniti. Due amici, Hiroki e Takuya, lavorano da tempo a un aereo; il loro sogno è quello di avvicinarsi alla Torre per vedere finalmente cosa c’è oltre. A poco a poco, una misteriosa ragazza di nome Sayuri si unisce a loro e insieme diventano un trio inseparabile. I due adolescenti promettono di portare la ragazza con loro per scoprire cosa ci sia oltre la Torre.

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.