La storia è ambientata a Tokyo dopo un terremoto di magnitudo 8.0 sulla scala Richter, che distrugge molti degli edifici simbolo della città. È centrata su Mirai e Yuki che, all’inizio delle vacanze estive, si recano ad una mostra di robot ad Odaiba, un’isola artificiale nella Baia di Tokyo. I due andranno da soli, con grande disappunto di Mirai, perché i genitori sono impegnati a causa dei rispettivi lavori. Proprio alla fine della visita, mentre Yuki va alla toilette e Mirai lo sta aspettando fuori dall’edificio, si verifica un terremoto devastante che causa la distruzione di centinaia di edifici e ponti, compreso il Rainbow Bridge. Mirai, scioccata da quanto appena successo, entra comunque nell’edificio pericolante per cercare il fratellino e, grazie all’aiuto di Mari, una fattorina motociclista, i due si ricongiungeranno. A questo punto inizierà il viaggio dei tre: Mirai e Yuki devono tornare a casa dai genitori a Setagaya e Mari deve raggiungere la madre e la figlia di quattro anni a Sangenjaya.

Anno 2015. Un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili, le armate internazionali sono in ginocchio. L’ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell’Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da Combattimento Umanoide Multi-Funzione, l’arma definitiva, l’Evangelion. Shinji Ikari. Un ragazzino di quattordici anni mite e introverso, arrivato a Neo Tokyo-3 per ordine di suo padre, che non vedeva da ben tre anni. Travolto dagli eventi e sopraffatto dalla figura del genitore, comandante supremo della Nerv, Shinji si ritroverà ai comandi del primo esemplare funzionante di Evangelion, scaraventato nella furia della battaglia. è l’inizio della più shockante saga del terzo millennio, della serie che ha sconvolto il Giappone, della Nuova Genesi dell’animazione nipponica.

In un tranquillo quartiere di Tokyo, sette studenti saltano la scuola nascondendosi al buio nelle loro camerette, incapaci di affrontare le loro famiglie e i loro amici, finché non scoprono che gli specchi delle loro camere da letto brillano. Con un solo tocco, vengono trascinati in un castello che sembra uscito da una fiaba dei fratelli Grimm. Questo luogo stravagante, stranamente privo di cibo e acqua corrente ma pieno di prese elettriche, ospita una ragazza petulante in maschera di nome Wolf Queen e diventa il parco giochi dei sette ragazzi e il loro rifugio durante l’orario scolastico. Vengono a sapere che, nascosta fra le mura, c’è una chiave che esaudirà un desiderio. Ma c’è un problema: la chiave deve essere trovata entro la fine dell’anno scolastico e i ragazzi devono lasciare il castello entro le cinque di ogni pomeriggio, pena la morte.