Hodaka, durante l’estate del suo primo anno di liceo, fugge dalla sua remota isola natale per rifugiarsi a Tokyo. Qui si ritroverà ben presto ad affrontare i propri limiti sia finanziari che personali. L’incontro con Hina, una ragazza brillante e volitiva, cambierà però il corso degli eventi perché la giovane possiede un’abilità strana e meravigliosa: il potere di fermare la pioggia e far risplendere il sole…

Un enorme torre bianca si staglia lontana oltre le nuvole, è la fonte di mille dibattiti e l’ispirazione per innumerevoli fantasie. Ha segnato un punto di svolta nel paese e ne simboleggia la divisione dopo la guerra: il nord è occupato dall’Unione mentre il Sud è in mano agli Stati Uniti. Due amici, Hiroki e Takuya, lavorano da tempo a un aereo; il loro sogno è quello di avvicinarsi alla Torre per vedere finalmente cosa c’è oltre. A poco a poco, una misteriosa ragazza di nome Sayuri si unisce a loro e insieme diventano un trio inseparabile. I due adolescenti promettono di portare la ragazza con loro per scoprire cosa ci sia oltre la Torre.

Esiste una leggenda metropolitana sul Tunnel di Urashima: nessuna sa dove sia, ma se qualcuno lo trova può chiedergli qualsiasi cosa. Tuttavia, il tempo trascorre in modo diverso all’interno del tunnel e, una volta usciti, si scopre di essere invecchiati. Kaoru è un adolescente dalla vita difficile; le sue giornate sono scandite dal tempo trascorso insieme al suo unico amico e dalle commissioni che svolge per l'”ape regina” della sua classe. Egli vive insieme al padre, che si è dato all’alcol in seguito alla morte della figlia minore, mentre la madre li ha abbandonati poco dopo quel tragico incidente. Ma Kaoru non si lamenta della sua vita né è arrabbiato, e quando si imbatte nel Tunnel di Urashima sa esattamente quale desiderio chiedere: che sua sorella torni in vita.

È ormai passato un mese da quando sopra il Giappone è passata una cometa attesa da oltre mille anni. Mitsuha è una studentessa che vive in una piccola città rurale, il suo sogno però è quello di trasferirsi a Tokyo. Taki è uno studente di liceo che vive proprio a Tokyo, ha un lavoro part-time in un ristorante italiano ma il suo sogno è quello di lavorare nel campo dell’arte o dell’architettura. Una notte, Mitsuha sogna di essere un giovane uomo, ha nuovi amici e lo skyline di Tokyo si apre dinnanzi al suo sguardo. Nello stesso momento Taki, dal canto suo, sogna di essere una ragazzina che vive in una piccola città di montagna che non ha mai visitato! Qual è il segreto che si cela dietro questi strani sogni?