Una tranquilla giornata in una tranquilla città negli anni ottanta del secolo scorso. Tutto è come deve essere, finché una telefonata ad un popolare programma televisivo parla di una strana, potentissima moto. Il programma si interrompe improvvisamente, e da allora in poi la verità inizierà a mostrarsi: tutto quello che abbiamo sempre creduto è una menzogna. Questa non è la nostra città, questa non è un`epoca di pace, questa non è la Terra.

Dopo un colpo al casinò che non ha portato i risultati sperati, Lupin e Jigen, decidono di impossessarsi delle preziose matrici che un potente falsario, il Conte di Cagliostro, tiene nel suo castello. Arrivati sul posto però, i due si imbattono nella bella Clarissa, promessa sposa in fuga dal crudele Conte che la desidera per meri motivi di interesse. Seppur braccato da Zenigata, Lupin aiuta la ragazza e si trova quindi costretto a dover affrontare un nemico insidioso.

La storia è incentrata su una casa tradizionale giapponese chiamata “Mayoiga” (dal nome del concetto folcloristico giapponese di una casa abbandonata ma ben tenuta) da dove si può vedere il mare e sentire il tocco di calore e nostalgia. Qui, una ragazza di 17 anni che sta cercando di trovare il suo posto nel mondo inizia una nuova vita con persone completamente estranee a lei.

Aoyama è un bambino di 10 anni. È uno studente serio, ed ha un modo tutto suo di vedere e conoscere il mondo: tiene dei quaderni su cui annota quotidianamente le sue osservazioni, i suoi esperimenti e le sue esplorazioni. Un giorno alcuni pinguini compaiono improvvisamente nella città in cui vive. Ma, così come sono apparsi, misteriosamente spariscono. Aoyama parla di questa strana apparizione con una giovane donna, l’igienista dentale della clinica che frequenta, di cui è segretamente innamorato. Quando la sua “sorellona” lancia una lattina e questa si trasforma in un pinguino, Aoyama decide di investigare e di scoprire le cause di questa apparizione.

Il film racconta cosa accade dopo la conquista del regno di Aquafa da parte dell’Impero di Zol, a seguito di una sanguinosa guerra. Il grande impero ha incorporato gran parte dei territori, eccezion fatta per Fire Horse Territory, dove vivono dei cani selvatici che un tempo trasmettevano la mortale Febbre del Lupo Nero. I soldati che hanno combattuto per Aquafa attendono la loro morte per mano di Zol. Van, uno di loro, invece di essere ucciso viene fatto schiavo e lasciato in una miniera di sale controllata dall’impero, dove conosce una giovane di nome Yuna. Una notte un branco di cani del Fire Horse Territory attraversa la miniera e Van e la sua nuova amica vengono attaccati e morsi, sopravvivendo comunque all’attacco. Mentre la Febbre del Lupo Nero dilaga, i due approfittano della nuova libertà per rifarsi una vita serena in campagna, ma una nuova battaglia è pronta per essere combattuta…