La storia è ambientata in una città circondata interamente da un muro alto 4.000 metri. Poiché la città è piena di camini, l’aria è sempre piena di fumo e nessuno sa com’è il cielo. Nella notte di Halloween, nel festival cittadino, un fattorino lascia cadere accidentalmente il cuore che dovrebbe consegnare e dopo averlo cercato invano si arrende. Il cuore però continua a battere in questa città dei camini.

Roma Kamogawa e Hokuto Mitarai, soprannominato Toto, sono amici di lunga data che non si sono mai trovati a loro agio con i compagni di scuola e hanno fondato un piccolo club chiamato “DonGlees”. Nell’estate del loro primo anno di scuola superiore si unisce ai DonGlees Shizuku Sakuma, soprannominato Drop, e per un incidente avvenuto durante la notte di un festival di fuochi d’artificio i tre vengono ingiustamente ritenuti responsabili. Roma, Toto e Drop si mettono alla ricerca nella foresta del loro drone disperso, con cui potranno dimostrare la loro innocenza. Tale viaggio rafforza la loro amicizia in quella che sarà, a loro insaputa, l’ultima avventura adolescenziale di Drop.

Il pianeta Terra, ormai abbandonato da centinaia d’anni da una popolazione troppo numerosa per contenerlo, è diventato un luogo inviolabile e quasi sacro, mantenuto tale con pugno di ferro e fermezza militare dalla coalizione Gaia. Ad essa si contrappone Capitan Harlock e la sua ciurma a bordo dell’Arcadia, a cui si è appena aggiunto un nuovo elemento: Logan, fratello dell’ufficiale disabile Ezra e dunque infiltrato di Gaia dentro l’armata di Harlock con il compito di uccidere il capitano. Quando però Logan capirà qual è l’ideale che muove Harlock, che ha sempre percepito come un nemico, sarà pronto a schierarsi con lui contro il fratello, il quale lo accusa di aver causato la sua disabilità.