La storia è ambientata a Tokyo dopo un terremoto di magnitudo 8.0 sulla scala Richter, che distrugge molti degli edifici simbolo della città. È centrata su Mirai e Yuki che, all’inizio delle vacanze estive, si recano ad una mostra di robot ad Odaiba, un’isola artificiale nella Baia di Tokyo. I due andranno da soli, con grande disappunto di Mirai, perché i genitori sono impegnati a causa dei rispettivi lavori. Proprio alla fine della visita, mentre Yuki va alla toilette e Mirai lo sta aspettando fuori dall’edificio, si verifica un terremoto devastante che causa la distruzione di centinaia di edifici e ponti, compreso il Rainbow Bridge. Mirai, scioccata da quanto appena successo, entra comunque nell’edificio pericolante per cercare il fratellino e, grazie all’aiuto di Mari, una fattorina motociclista, i due si ricongiungeranno. A questo punto inizierà il viaggio dei tre: Mirai e Yuki devono tornare a casa dai genitori a Setagaya e Mari deve raggiungere la madre e la figlia di quattro anni a Sangenjaya.

Un enorme torre bianca si staglia lontana oltre le nuvole, è la fonte di mille dibattiti e l’ispirazione per innumerevoli fantasie. Ha segnato un punto di svolta nel paese e ne simboleggia la divisione dopo la guerra: il nord è occupato dall’Unione mentre il Sud è in mano agli Stati Uniti. Due amici, Hiroki e Takuya, lavorano da tempo a un aereo; il loro sogno è quello di avvicinarsi alla Torre per vedere finalmente cosa c’è oltre. A poco a poco, una misteriosa ragazza di nome Sayuri si unisce a loro e insieme diventano un trio inseparabile. I due adolescenti promettono di portare la ragazza con loro per scoprire cosa ci sia oltre la Torre.

Anno 2015. Un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili, le armate internazionali sono in ginocchio. L’ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell’Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da Combattimento Umanoide Multi-Funzione, l’arma definitiva, l’Evangelion. Shinji Ikari. Un ragazzino di quattordici anni mite e introverso, arrivato a Neo Tokyo-3 per ordine di suo padre, che non vedeva da ben tre anni. Travolto dagli eventi e sopraffatto dalla figura del genitore, comandante supremo della Nerv, Shinji si ritroverà ai comandi del primo esemplare funzionante di Evangelion, scaraventato nella furia della battaglia. è l’inizio della più shockante saga del terzo millennio, della serie che ha sconvolto il Giappone, della Nuova Genesi dell’animazione nipponica.

Hinako è una studentessa universitaria amante del surf che si è appena trasferita in una piccola città sul mare. Quando scoppia un improvviso incendio nel suo condominio, viene salvata da Minato, un bel vigile del fuoco. Proprio quando i due sembrano essere ormai inseparabili, Minato perde la vita in un incidente in mare. Hinako è così sconvolta che non riesce più nemmeno a guardare l’oceano, ma un giorno canta una canzone che le ricorda i momenti passati insieme e Minato le appare magicamente nell’acqua. Qual è la vera ragione dell’improvvisa ricomparsa di Minato?