La storia è ambientata in una città circondata interamente da un muro alto 4.000 metri. Poiché la città è piena di camini, l’aria è sempre piena di fumo e nessuno sa com’è il cielo. Nella notte di Halloween, nel festival cittadino, un fattorino lascia cadere accidentalmente il cuore che dovrebbe consegnare e dopo averlo cercato invano si arrende. Il cuore però continua a battere in questa città dei camini.

Il giorno prima del suo compleanno, Akane viene mandata dalla madre al negozio di Chii, un’amica di famiglia, grande viaggiatrice. Durante la visita, l’arrivo di un misterioso alchimista in completo elegante le catapulta in un viaggio incredibile in un misterioso mondo parallelo. Akane viene scambiata per la “dea del vento verde”, personaggio leggendario che dovrà salvare il principe e permettere la riuscita della cerimonia del taglio della goccia, in grado di far tornare l’acqua a scorrere nel mondo. Nel mentre saranno ostacolati dal malvagio Zan Gu, un uomo di metallo apparentemente deciso a ostacolare la cerimonia a tutti i costi.

Il film racconta cosa accade dopo la conquista del regno di Aquafa da parte dell’Impero di Zol, a seguito di una sanguinosa guerra. Il grande impero ha incorporato gran parte dei territori, eccezion fatta per Fire Horse Territory, dove vivono dei cani selvatici che un tempo trasmettevano la mortale Febbre del Lupo Nero. I soldati che hanno combattuto per Aquafa attendono la loro morte per mano di Zol. Van, uno di loro, invece di essere ucciso viene fatto schiavo e lasciato in una miniera di sale controllata dall’impero, dove conosce una giovane di nome Yuna. Una notte un branco di cani del Fire Horse Territory attraversa la miniera e Van e la sua nuova amica vengono attaccati e morsi, sopravvivendo comunque all’attacco. Mentre la Febbre del Lupo Nero dilaga, i due approfittano della nuova libertà per rifarsi una vita serena in campagna, ma una nuova battaglia è pronta per essere combattuta…

Sono trascorsi sei anni, e ora Kamui è tornato a Tokyo per affrontare il Destino dell’Ultimo Giorno. Di fronte a lui i Draghi del Cielo e i Draghi della Terra, e la scelta tra “preservare” o “cambiare” lo stato delle cose. Perchè Kamui è nato per poter diventare un salvatore o un distruttore. E può dimostrare che è l’individuo a scegliere il proprio destino. Ma solo lui sarà responsabile delle conseguenze della sua decisione. Anno 1999, il futuro è “X”.

Nel mese di luglio dell’anno 2008, la razza umana sfiorò la completa estinzione. In pochi istanti, le armi elettromagnetiche cancellarono più di metà degli esseri viventi dalla faccia del pianeta. Il cataclisma causò uno spostamento traumatico dell’asse terrestre, e i continenti finirono quasi interamente sommersi dalle acque.