Essi sono i messaggeri del Creatore, coloro che annunciano il giorno del Giudizio Universale.Non sono ne’ dei ne’ uomini. Il loro nome e’… Angeli. Setsuna Mudo ha sempre vissuto come un normale studente delle superiori, finche’ due demoni, Cry e Arakune, non si intromettono nella sua vita rivelandogli che egli e’ la reincarnazione di un angelo chiamato Alexiel. Per quanto propenso a non credere alla sconcertante notizia, Setsuna si vede costretto ad accettare la realta’ nel momento in cui Rosiel, il fratello gemello di Alexiel, tenta con ogni mezzo di risvegliare in lui la coscienza della sua vita passata. Stanco di essere attorniato da persone che in lui vedono soltanto Alexiel, Setsuna decide di scappare con sua sorella Sara, di cui e’ innamorato da sempre, per cominciare una nuova vita, ma l’angelo Rosiel non ha intenzione di rinunciare ai suoi propositi.

Anno 2015. Un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili, le armate internazionali sono in ginocchio. L’ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell’Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da Combattimento Umanoide Multi-Funzione, l’arma definitiva, l’Evangelion. Shinji Ikari. Un ragazzino di quattordici anni mite e introverso, arrivato a Neo Tokyo-3 per ordine di suo padre, che non vedeva da ben tre anni. Travolto dagli eventi e sopraffatto dalla figura del genitore, comandante supremo della Nerv, Shinji si ritroverà ai comandi del primo esemplare funzionante di Evangelion, scaraventato nella furia della battaglia. è l’inizio della più shockante saga del terzo millennio, della serie che ha sconvolto il Giappone, della Nuova Genesi dell’animazione nipponica.

La storia è ambientata a Tokyo dopo un terremoto di magnitudo 8.0 sulla scala Richter, che distrugge molti degli edifici simbolo della città. È centrata su Mirai e Yuki che, all’inizio delle vacanze estive, si recano ad una mostra di robot ad Odaiba, un’isola artificiale nella Baia di Tokyo. I due andranno da soli, con grande disappunto di Mirai, perché i genitori sono impegnati a causa dei rispettivi lavori. Proprio alla fine della visita, mentre Yuki va alla toilette e Mirai lo sta aspettando fuori dall’edificio, si verifica un terremoto devastante che causa la distruzione di centinaia di edifici e ponti, compreso il Rainbow Bridge. Mirai, scioccata da quanto appena successo, entra comunque nell’edificio pericolante per cercare il fratellino e, grazie all’aiuto di Mari, una fattorina motociclista, i due si ricongiungeranno. A questo punto inizierà il viaggio dei tre: Mirai e Yuki devono tornare a casa dai genitori a Setagaya e Mari deve raggiungere la madre e la figlia di quattro anni a Sangenjaya.