Hodaka, durante l’estate del suo primo anno di liceo, fugge dalla sua remota isola natale per rifugiarsi a Tokyo. Qui si ritroverà ben presto ad affrontare i propri limiti sia finanziari che personali. L’incontro con Hina, una ragazza brillante e volitiva, cambierà però il corso degli eventi perché la giovane possiede un’abilità strana e meravigliosa: il potere di fermare la pioggia e far risplendere il sole…

La storia è ambientata in una città circondata interamente da un muro alto 4.000 metri. Poiché la città è piena di camini, l’aria è sempre piena di fumo e nessuno sa com’è il cielo. Nella notte di Halloween, nel festival cittadino, un fattorino lascia cadere accidentalmente il cuore che dovrebbe consegnare e dopo averlo cercato invano si arrende. Il cuore però continua a battere in questa città dei camini.

Essi sono i messaggeri del Creatore, coloro che annunciano il giorno del Giudizio Universale.Non sono ne’ dei ne’ uomini. Il loro nome e’… Angeli. Setsuna Mudo ha sempre vissuto come un normale studente delle superiori, finche’ due demoni, Cry e Arakune, non si intromettono nella sua vita rivelandogli che egli e’ la reincarnazione di un angelo chiamato Alexiel. Per quanto propenso a non credere alla sconcertante notizia, Setsuna si vede costretto ad accettare la realta’ nel momento in cui Rosiel, il fratello gemello di Alexiel, tenta con ogni mezzo di risvegliare in lui la coscienza della sua vita passata. Stanco di essere attorniato da persone che in lui vedono soltanto Alexiel, Setsuna decide di scappare con sua sorella Sara, di cui e’ innamorato da sempre, per cominciare una nuova vita, ma l’angelo Rosiel non ha intenzione di rinunciare ai suoi propositi.

È ormai passato un mese da quando sopra il Giappone è passata una cometa attesa da oltre mille anni. Mitsuha è una studentessa che vive in una piccola città rurale, il suo sogno però è quello di trasferirsi a Tokyo. Taki è uno studente di liceo che vive proprio a Tokyo, ha un lavoro part-time in un ristorante italiano ma il suo sogno è quello di lavorare nel campo dell’arte o dell’architettura. Una notte, Mitsuha sogna di essere un giovane uomo, ha nuovi amici e lo skyline di Tokyo si apre dinnanzi al suo sguardo. Nello stesso momento Taki, dal canto suo, sogna di essere una ragazzina che vive in una piccola città di montagna che non ha mai visitato! Qual è il segreto che si cela dietro questi strani sogni?