Hinako è una studentessa universitaria amante del surf che si è appena trasferita in una piccola città sul mare. Quando scoppia un improvviso incendio nel suo condominio, viene salvata da Minato, un bel vigile del fuoco. Proprio quando i due sembrano essere ormai inseparabili, Minato perde la vita in un incidente in mare. Hinako è così sconvolta che non riesce più nemmeno a guardare l’oceano, ma un giorno canta una canzone che le ricorda i momenti passati insieme e Minato le appare magicamente nell’acqua. Qual è la vera ragione dell’improvvisa ricomparsa di Minato?

Una tranquilla giornata in una tranquilla città negli anni ottanta del secolo scorso. Tutto è come deve essere, finché una telefonata ad un popolare programma televisivo parla di una strana, potentissima moto. Il programma si interrompe improvvisamente, e da allora in poi la verità inizierà a mostrarsi: tutto quello che abbiamo sempre creduto è una menzogna. Questa non è la nostra città, questa non è un`epoca di pace, questa non è la Terra.

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.

Esiste una leggenda metropolitana sul Tunnel di Urashima: nessuna sa dove sia, ma se qualcuno lo trova può chiedergli qualsiasi cosa. Tuttavia, il tempo trascorre in modo diverso all’interno del tunnel e, una volta usciti, si scopre di essere invecchiati. Kaoru è un adolescente dalla vita difficile; le sue giornate sono scandite dal tempo trascorso insieme al suo unico amico e dalle commissioni che svolge per l'”ape regina” della sua classe. Egli vive insieme al padre, che si è dato all’alcol in seguito alla morte della figlia minore, mentre la madre li ha abbandonati poco dopo quel tragico incidente. Ma Kaoru non si lamenta della sua vita né è arrabbiato, e quando si imbatte nel Tunnel di Urashima sa esattamente quale desiderio chiedere: che sua sorella torni in vita.