La razza umana è in lotta da mezzo secolo contro misteriose forme di vita denominate “Image”. Nell’anno 2054 il giovane Renton Thurston entra a far parte dell’equipaggio della Gekko-Go, la corazzata della 303° Unità Indipendente dell’Esercito di Liberazione dell’Umanità. La prima missione ufficiale che deve affrontare, pilotando il suo Nirvash, consiste nel recuperare un soggetto sperimentale estremamente importante per l’esercito. Con suo grande stupore, Renton scopre presto che il soggetto altri non è che Eureka, una ragazza con cui era molto legato durante la sua infanzia.

Alla fine dell’estate l’ultimo treno della stagione parte dalla località balneare di Biligen, lasciando dietro di sé l’anziana e tenace Louise. La città è ormai deserta e Louise si trova completamente sola, fatta eccezione per un cane parlante. In un contesto che si fa sempre più surreale, Louise torna a rivivere la sua infanzia e i momenti più significativi della sua vita, rileggendoli con occhi nuovi.

Nella Parigi della Belle Époque, la piccola detective Dilili, originaria della Nuova Caledonia, inizia a indagare insieme al giovane fattorino Orel su alcuni misteriosi rapimenti di ragazze. Durante le loro ricerche, i due incontrano uomini e donne straordinari, celebri artisti e pensatori, che forniscono loro una serie di indizi. Dilili e Orel vengono così a conoscenza di un sottobosco di cattivi molto particolari, i Maestri Uomini, e faranno di tutto per fermarli.