La storia è ambientata a Tokyo dopo un terremoto di magnitudo 8.0 sulla scala Richter, che distrugge molti degli edifici simbolo della città. È centrata su Mirai e Yuki che, all’inizio delle vacanze estive, si recano ad una mostra di robot ad Odaiba, un’isola artificiale nella Baia di Tokyo. I due andranno da soli, con grande disappunto di Mirai, perché i genitori sono impegnati a causa dei rispettivi lavori. Proprio alla fine della visita, mentre Yuki va alla toilette e Mirai lo sta aspettando fuori dall’edificio, si verifica un terremoto devastante che causa la distruzione di centinaia di edifici e ponti, compreso il Rainbow Bridge. Mirai, scioccata da quanto appena successo, entra comunque nell’edificio pericolante per cercare il fratellino e, grazie all’aiuto di Mari, una fattorina motociclista, i due si ricongiungeranno. A questo punto inizierà il viaggio dei tre: Mirai e Yuki devono tornare a casa dai genitori a Setagaya e Mari deve raggiungere la madre e la figlia di quattro anni a Sangenjaya.

Nella Kyoto del 2027 Naomi Katagaki, studente con la passione per la lettura, entra misteriosamente in contatto con un uomo apparso dal nulla; quest’ultimo gli rivela di essere il “sé stesso” del futuro dal 2037 e di essere tornato nel passato per salvare la compagna di classe e futura fidanzata Ruri Ichigyō, che altrimenti sarebbe finita in coma in seguito alla caduta di un albero colpito da un fulmine.

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.

Essi sono i messaggeri del Creatore, coloro che annunciano il giorno del Giudizio Universale.Non sono ne’ dei ne’ uomini. Il loro nome e’… Angeli. Setsuna Mudo ha sempre vissuto come un normale studente delle superiori, finche’ due demoni, Cry e Arakune, non si intromettono nella sua vita rivelandogli che egli e’ la reincarnazione di un angelo chiamato Alexiel. Per quanto propenso a non credere alla sconcertante notizia, Setsuna si vede costretto ad accettare la realta’ nel momento in cui Rosiel, il fratello gemello di Alexiel, tenta con ogni mezzo di risvegliare in lui la coscienza della sua vita passata. Stanco di essere attorniato da persone che in lui vedono soltanto Alexiel, Setsuna decide di scappare con sua sorella Sara, di cui e’ innamorato da sempre, per cominciare una nuova vita, ma l’angelo Rosiel non ha intenzione di rinunciare ai suoi propositi.

Aoyama è un bambino di 10 anni. È uno studente serio, ed ha un modo tutto suo di vedere e conoscere il mondo: tiene dei quaderni su cui annota quotidianamente le sue osservazioni, i suoi esperimenti e le sue esplorazioni. Un giorno alcuni pinguini compaiono improvvisamente nella città in cui vive. Ma, così come sono apparsi, misteriosamente spariscono. Aoyama parla di questa strana apparizione con una giovane donna, l’igienista dentale della clinica che frequenta, di cui è segretamente innamorato. Quando la sua “sorellona” lancia una lattina e questa si trasforma in un pinguino, Aoyama decide di investigare e di scoprire le cause di questa apparizione.

Josée vive nel suo mondo immersa nei propri passatempi: i disegni, i libri e l’immaginazione. Fin dall’infanzia è su una sedia a rotelle, e un giorno viene aiutata da Tsuneo, uno studente universitario, proprio mentre sembra sul punto di ruzzolare per una strada di collina. Tsuneo, che segue un corso di biologia marina, è uno studente lavoratore che svolge piccoli impieghi da mattina a sera mentre insegue il sogno di vedere un giorno coi suoi occhi un branco di fantomatici pesci che vivono unicamente in Messico. Chizu, la nonna di Josée con la quale vive da sola, propone al suddetto Tsuneo un certo lavoretto. Si tratta di dare ascolto alle richieste di Josée e di occuparsi di lei. Però la scorbutica e sprezzante Josée tratta Tsuneo in modo aspro, e anche Tsuneo si scontra direttamente con Josée senza pazientare. In tutto questo, ciò che si trova dentro i rispettivi animi inizia a scorgersi e la distanza tra gli animi dei due si accorcia. Con questa sintonia, Josée si convince e decide di saltare assieme a Tsuneo nel mondo esterno che sognava, ma…

Lo struggente film d’animazione realizzato da Studio Bones (My Hero Academia, Fullmetal Alchemist), diretto da Kotaro Tamura (Noragami, Wolf Children) e impreziosito dalle musiche di Evan Call (Violet Evergarden) arriva in edizione DVD dopo il successo riscosso al cinema.