La storia è ambientata a Tokyo dopo un terremoto di magnitudo 8.0 sulla scala Richter, che distrugge molti degli edifici simbolo della città. È centrata su Mirai e Yuki che, all’inizio delle vacanze estive, si recano ad una mostra di robot ad Odaiba, un’isola artificiale nella Baia di Tokyo. I due andranno da soli, con grande disappunto di Mirai, perché i genitori sono impegnati a causa dei rispettivi lavori. Proprio alla fine della visita, mentre Yuki va alla toilette e Mirai lo sta aspettando fuori dall’edificio, si verifica un terremoto devastante che causa la distruzione di centinaia di edifici e ponti, compreso il Rainbow Bridge. Mirai, scioccata da quanto appena successo, entra comunque nell’edificio pericolante per cercare il fratellino e, grazie all’aiuto di Mari, una fattorina motociclista, i due si ricongiungeranno. A questo punto inizierà il viaggio dei tre: Mirai e Yuki devono tornare a casa dai genitori a Setagaya e Mari deve raggiungere la madre e la figlia di quattro anni a Sangenjaya.

La storia è incentrata su una casa tradizionale giapponese chiamata “Mayoiga” (dal nome del concetto folcloristico giapponese di una casa abbandonata ma ben tenuta) da dove si può vedere il mare e sentire il tocco di calore e nostalgia. Qui, una ragazza di 17 anni che sta cercando di trovare il suo posto nel mondo inizia una nuova vita con persone completamente estranee a lei.

Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche. La ragazza decide quindi di visitare il padre all’acquario dove lavora e qui farà uno strano incontro con Umi (mare), un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.

La ciurma di cappello di paglia e altre bande di pirati, oltre a un numero impressionante di appassionati, si riunisce nei pressi dell’isola di Elegia per il concerto di Uta, una superstar che vuole rendere le persone felici con la propria musica. Sente infatti forte empatia con le vittime innocenti delle razzie dei pirati. Tanto che, sebbene sia un’amica di gioventù di Luffy, farà il possibile per fargli abbandonare il sogno di diventare re dei pirati. Uta, nel resistere a un tentativo di rapimento, dimostra di avere anche strabilianti poteri, che prendono però un tono sempre più sinistro e tragico…