Sono trascorsi sei anni, e ora Kamui è tornato a Tokyo per affrontare il Destino dell’Ultimo Giorno. Di fronte a lui i Draghi del Cielo e i Draghi della Terra, e la scelta tra “preservare” o “cambiare” lo stato delle cose. Perchè Kamui è nato per poter diventare un salvatore o un distruttore. E può dimostrare che è l’individuo a scegliere il proprio destino. Ma solo lui sarà responsabile delle conseguenze della sua decisione. Anno 1999, il futuro è “X”.

Chihiro è una ragazzina di dieci anni, capricciosa e testarda, che sta traslocando con i suoi genitori dalla loro vecchia casa. Arrivati in fondo a una misteriosa strada senza uscita, la famiglia si trova davanti a una galleria che li conduce a una città fantasma. I genitori si gettano famelici sul cibo e vengono trasformati in maiali sotto gli occhi della figlia. Chihiro dovrà affrontare un mondo nuovo e misterioso abitato da antiche divinità ed esseri straordinari che dovrà imparare a conoscere per potersi salvare. E così la ragazzina rinuncerà alla sua pigrizia, alla sua umanità, alla sua ragione, ai suoi ricordi e perfino al suo nome…

La storia è ambientata in una città circondata interamente da un muro alto 4.000 metri. Poiché la città è piena di camini, l’aria è sempre piena di fumo e nessuno sa com’è il cielo. Nella notte di Halloween, nel festival cittadino, un fattorino lascia cadere accidentalmente il cuore che dovrebbe consegnare e dopo averlo cercato invano si arrende. Il cuore però continua a battere in questa città dei camini.

È ormai passato un mese da quando sopra il Giappone è passata una cometa attesa da oltre mille anni. Mitsuha è una studentessa che vive in una piccola città rurale, il suo sogno però è quello di trasferirsi a Tokyo. Taki è uno studente di liceo che vive proprio a Tokyo, ha un lavoro part-time in un ristorante italiano ma il suo sogno è quello di lavorare nel campo dell’arte o dell’architettura. Una notte, Mitsuha sogna di essere un giovane uomo, ha nuovi amici e lo skyline di Tokyo si apre dinnanzi al suo sguardo. Nello stesso momento Taki, dal canto suo, sogna di essere una ragazzina che vive in una piccola città di montagna che non ha mai visitato! Qual è il segreto che si cela dietro questi strani sogni?

Anno 2015. Un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili, le armate internazionali sono in ginocchio. L’ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell’Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da Combattimento Umanoide Multi-Funzione, l’arma definitiva, l’Evangelion. Shinji Ikari. Un ragazzino di quattordici anni mite e introverso, arrivato a Neo Tokyo-3 per ordine di suo padre, che non vedeva da ben tre anni. Travolto dagli eventi e sopraffatto dalla figura del genitore, comandante supremo della Nerv, Shinji si ritroverà ai comandi del primo esemplare funzionante di Evangelion, scaraventato nella furia della battaglia. è l’inizio della più shockante saga del terzo millennio, della serie che ha sconvolto il Giappone, della Nuova Genesi dell’animazione nipponica.