Una torrida giornata d’estate… all’improvviso un’intera classe di una scuola media scompare nel nulla. In principio si pensa ad un rapimento di massa, ma tra rapimenti veri e propri, isteria collettiva dei genitori e di un sindaco corrotto, si scoprirà che i ragazzi si sono barricati in una fabbrica abbandonata in segno di ribellione contro gli adulti!

Sono trascorsi sei anni, e ora Kamui è tornato a Tokyo per affrontare il Destino dell’Ultimo Giorno. Di fronte a lui i Draghi del Cielo e i Draghi della Terra, e la scelta tra “preservare” o “cambiare” lo stato delle cose. Perchè Kamui è nato per poter diventare un salvatore o un distruttore. E può dimostrare che è l’individuo a scegliere il proprio destino. Ma solo lui sarà responsabile delle conseguenze della sua decisione. Anno 1999, il futuro è “X”.

Esiste una leggenda metropolitana sul Tunnel di Urashima: nessuna sa dove sia, ma se qualcuno lo trova può chiedergli qualsiasi cosa. Tuttavia, il tempo trascorre in modo diverso all’interno del tunnel e, una volta usciti, si scopre di essere invecchiati. Kaoru è un adolescente dalla vita difficile; le sue giornate sono scandite dal tempo trascorso insieme al suo unico amico e dalle commissioni che svolge per l'”ape regina” della sua classe. Egli vive insieme al padre, che si è dato all’alcol in seguito alla morte della figlia minore, mentre la madre li ha abbandonati poco dopo quel tragico incidente. Ma Kaoru non si lamenta della sua vita né è arrabbiato, e quando si imbatte nel Tunnel di Urashima sa esattamente quale desiderio chiedere: che sua sorella torni in vita.

Il film racconta cosa accade dopo la conquista del regno di Aquafa da parte dell’Impero di Zol, a seguito di una sanguinosa guerra. Il grande impero ha incorporato gran parte dei territori, eccezion fatta per Fire Horse Territory, dove vivono dei cani selvatici che un tempo trasmettevano la mortale Febbre del Lupo Nero. I soldati che hanno combattuto per Aquafa attendono la loro morte per mano di Zol. Van, uno di loro, invece di essere ucciso viene fatto schiavo e lasciato in una miniera di sale controllata dall’impero, dove conosce una giovane di nome Yuna. Una notte un branco di cani del Fire Horse Territory attraversa la miniera e Van e la sua nuova amica vengono attaccati e morsi, sopravvivendo comunque all’attacco. Mentre la Febbre del Lupo Nero dilaga, i due approfittano della nuova libertà per rifarsi una vita serena in campagna, ma una nuova battaglia è pronta per essere combattuta…