Aoyama è un bambino di 10 anni. È uno studente serio, ed ha un modo tutto suo di vedere e conoscere il mondo: tiene dei quaderni su cui annota quotidianamente le sue osservazioni, i suoi esperimenti e le sue esplorazioni. Un giorno alcuni pinguini compaiono improvvisamente nella città in cui vive. Ma, così come sono apparsi, misteriosamente spariscono. Aoyama parla di questa strana apparizione con una giovane donna, l’igienista dentale della clinica che frequenta, di cui è segretamente innamorato. Quando la sua “sorellona” lancia una lattina e questa si trasforma in un pinguino, Aoyama decide di investigare e di scoprire le cause di questa apparizione.

Un contadino, mentre taglia del bambù, all’interno di uno dei fusti trova una piccola bambina, grande quanto un pollice. L’uomo, senza figli, la prende e la porta a casa da sua moglie, ed insieme decidono di allevarla come la propria figlia. Ma crescendo, la piccola Kaguya si troverà a scoprire la sua vera identità, quella di non essere una persona qualunque ma una principessa…

La storia è incentrata su una casa tradizionale giapponese chiamata “Mayoiga” (dal nome del concetto folcloristico giapponese di una casa abbandonata ma ben tenuta) da dove si può vedere il mare e sentire il tocco di calore e nostalgia. Qui, una ragazza di 17 anni che sta cercando di trovare il suo posto nel mondo inizia una nuova vita con persone completamente estranee a lei.

La storia è ambientata nell’Europa del XIX secolo: in questo mondo alternativo sono stati creati dei “Frankestein”, cadaveri viventi a cui è stata innestata un’anima artificiale, da usare come lavoratori nell’industria pesante. John Watson, studente di medicina dell’Università di Londra, viene scelto dal governo per diventare un agente segreto: nel suo lavoro scopre che in Afghanistan vengono impiegati una grande quantità di Frankestein tra cui l’Uno, l’originale creatura creata circa un secolo prima dal barone Frankenstein, che trama un complotto contro il mondo.

Nel mese di luglio dell’anno 2008, la razza umana sfiorò la completa estinzione. In pochi istanti, le armi elettromagnetiche cancellarono più di metà degli esseri viventi dalla faccia del pianeta. Il cataclisma causò uno spostamento traumatico dell’asse terrestre, e i continenti finirono quasi interamente sommersi dalle acque.