Anno 2015. Un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili, le armate internazionali sono in ginocchio. L’ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell’Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da Combattimento Umanoide Multi-Funzione, l’arma definitiva, l’Evangelion. Shinji Ikari. Un ragazzino di quattordici anni mite e introverso, arrivato a Neo Tokyo-3 per ordine di suo padre, che non vedeva da ben tre anni. Travolto dagli eventi e sopraffatto dalla figura del genitore, comandante supremo della Nerv, Shinji si ritroverà ai comandi del primo esemplare funzionante di Evangelion, scaraventato nella furia della battaglia. è l’inizio della più shockante saga del terzo millennio, della serie che ha sconvolto il Giappone, della Nuova Genesi dell’animazione nipponica.

Anna è una dodicenne che vive in città. “In questo mondo esiste un invisibile cerchio magico. C’è chi sta dentro e chi fuori, e io ne sono fuori. Ma comunque non mi importa. Odio me stessa”. Avendo perso i genitori da piccola, vive con i suoi genitori adottivi, sola e chiusa in se stessa dopo aver subito un particolare incidente. Quando la sua asma peggiora, viene mandata a stare dai parenti della madre adottiva Yoriko, gli Oiwa, in un villaggio vicino al mare. Inizia così un’estate di avventure per Anna, che incontra una ragazzina misteriosa, Marnie…

La storia racconta di alcuni Karas, ovvero di persone che riescono a trasformarsi in potenti guerrieri meccanici. Essi combatteranno per far prevalere la pace o le proprie ambizioni.

Gli alieni dal pianeta Baam sono arrivati pacificamente sulla terra speranzosi di condurre una pacifica coesistenza fra le due razze. Il Generalissimo Lion, re del popolo Baam e il delegato terrestre, il professor Ryuzaki, capo dell’avamposto lunare si incontrano per discutere un trattato di pace. Alla negoziazione prende parte anche la famiglia reale, e a causa di un sabotaggio il Re muore. Dopo questa tragedia comincia la guerra fra i Baam e la Terra. Gli alieni cominciano l’attacco alla Terra e conquistano le principali città terrestri: New York, Parigi, Londra e Roma e si dirigono verso la costa orientale del Giappone. Da qui iniziano i combattimenti e una fitta trama di eventi che porteranno alla luce macchinazioni, scopi e relazioni tra i personaggi di ambo le parti.