Il film racconta cosa accade dopo la conquista del regno di Aquafa da parte dell’Impero di Zol, a seguito di una sanguinosa guerra. Il grande impero ha incorporato gran parte dei territori, eccezion fatta per Fire Horse Territory, dove vivono dei cani selvatici che un tempo trasmettevano la mortale Febbre del Lupo Nero. I soldati che hanno combattuto per Aquafa attendono la loro morte per mano di Zol. Van, uno di loro, invece di essere ucciso viene fatto schiavo e lasciato in una miniera di sale controllata dall’impero, dove conosce una giovane di nome Yuna. Una notte un branco di cani del Fire Horse Territory attraversa la miniera e Van e la sua nuova amica vengono attaccati e morsi, sopravvivendo comunque all’attacco. Mentre la Febbre del Lupo Nero dilaga, i due approfittano della nuova libertà per rifarsi una vita serena in campagna, ma una nuova battaglia è pronta per essere combattuta…

L’iperattiva e vivace Pompo, nipote del produttore in pensione J.D. Peterzen, è una magnate dei B-movie. Gene invece è un assistente di produzione che non vorrebbe mai diventare un regista: la sola idea lo terrorizza. Tuttavia, Pompo ha altri piani per lui, progetti che cambieranno la sua vita e lo avvicineranno sempre di più al segreto del successo cinematografico.

Anna è una dodicenne che vive in città. “In questo mondo esiste un invisibile cerchio magico. C’è chi sta dentro e chi fuori, e io ne sono fuori. Ma comunque non mi importa. Odio me stessa”. Avendo perso i genitori da piccola, vive con i suoi genitori adottivi, sola e chiusa in se stessa dopo aver subito un particolare incidente. Quando la sua asma peggiora, viene mandata a stare dai parenti della madre adottiva Yoriko, gli Oiwa, in un villaggio vicino al mare. Inizia così un’estate di avventure per Anna, che incontra una ragazzina misteriosa, Marnie…

Anno 2015. Un gigantesco essere denominato Angelo attacca la città di Neo Tokyo-3. Sconosciuta la sua provenienza, sconosciuto il suo scopo. Le armi convenzionali sembrano inutili, le armate internazionali sono in ginocchio. L’ultima speranza è rappresentata dal Progetto E dell’Agenzia Speciale Nerv, volto allo sviluppo della Macchina da Combattimento Umanoide Multi-Funzione, l’arma definitiva, l’Evangelion. Shinji Ikari. Un ragazzino di quattordici anni mite e introverso, arrivato a Neo Tokyo-3 per ordine di suo padre, che non vedeva da ben tre anni. Travolto dagli eventi e sopraffatto dalla figura del genitore, comandante supremo della Nerv, Shinji si ritroverà ai comandi del primo esemplare funzionante di Evangelion, scaraventato nella furia della battaglia. è l’inizio della più shockante saga del terzo millennio, della serie che ha sconvolto il Giappone, della Nuova Genesi dell’animazione nipponica.