È ormai passato un mese da quando sopra il Giappone è passata una cometa attesa da oltre mille anni. Mitsuha è una studentessa che vive in una piccola città rurale, il suo sogno però è quello di trasferirsi a Tokyo. Taki è uno studente di liceo che vive proprio a Tokyo, ha un lavoro part-time in un ristorante italiano ma il suo sogno è quello di lavorare nel campo dell’arte o dell’architettura. Una notte, Mitsuha sogna di essere un giovane uomo, ha nuovi amici e lo skyline di Tokyo si apre dinnanzi al suo sguardo. Nello stesso momento Taki, dal canto suo, sogna di essere una ragazzina che vive in una piccola città di montagna che non ha mai visitato! Qual è il segreto che si cela dietro questi strani sogni?

In un tranquillo quartiere di Tokyo, sette studenti saltano la scuola nascondendosi al buio nelle loro camerette, incapaci di affrontare le loro famiglie e i loro amici, finché non scoprono che gli specchi delle loro camere da letto brillano. Con un solo tocco, vengono trascinati in un castello che sembra uscito da una fiaba dei fratelli Grimm. Questo luogo stravagante, stranamente privo di cibo e acqua corrente ma pieno di prese elettriche, ospita una ragazza petulante in maschera di nome Wolf Queen e diventa il parco giochi dei sette ragazzi e il loro rifugio durante l’orario scolastico. Vengono a sapere che, nascosta fra le mura, c’è una chiave che esaudirà un desiderio. Ma c’è un problema: la chiave deve essere trovata entro la fine dell’anno scolastico e i ragazzi devono lasciare il castello entro le cinque di ogni pomeriggio, pena la morte.

La storia è ambientata in una città circondata interamente da un muro alto 4.000 metri. Poiché la città è piena di camini, l’aria è sempre piena di fumo e nessuno sa com’è il cielo. Nella notte di Halloween, nel festival cittadino, un fattorino lascia cadere accidentalmente il cuore che dovrebbe consegnare e dopo averlo cercato invano si arrende. Il cuore però continua a battere in questa città dei camini.

Un enorme torre bianca si staglia lontana oltre le nuvole, è la fonte di mille dibattiti e l’ispirazione per innumerevoli fantasie. Ha segnato un punto di svolta nel paese e ne simboleggia la divisione dopo la guerra: il nord è occupato dall’Unione mentre il Sud è in mano agli Stati Uniti. Due amici, Hiroki e Takuya, lavorano da tempo a un aereo; il loro sogno è quello di avvicinarsi alla Torre per vedere finalmente cosa c’è oltre. A poco a poco, una misteriosa ragazza di nome Sayuri si unisce a loro e insieme diventano un trio inseparabile. I due adolescenti promettono di portare la ragazza con loro per scoprire cosa ci sia oltre la Torre.